Isomalto-oligosaccharide dibentuk oleh hidrolisis pati yang dikatalisis enzim dari tanaman sereal yang berbeda (gandum, gandum, jagung), pulsa (lentil, kacang polong), beras, tapioka (singkong), kentang dan sumber pati lainnya. Enzim, termasuk alfa-glukosidase, alfa-amilase, dan pullulanase, menghidrolisis polisakarida dalam pati untuk menghasilkan oligosakarida mono, di-, tri-, dan oligosakarida yang lebih kecil dengan alpha-1,4 dan alpha-1,6 linkage glikosida. Ragi ditambahkan untuk menghilangkan glukosa yang dapat dibentuk sebagai akibat dari reaksi hidrolisis enzimatik.
Langkah terakhir dalam hidrolisis pati adalah langkah sakarifikasi yang menghasilkan sirup maltosa tinggi. Sirup maltosa secara alami mengandung di- dan trigosakarida dengan hubungan glikosida alfa-1,4. Untuk mengubah molekul-molekul ini menjadi molekul kalori fungsional dan rendah, hubungan alfa-1,4 ini secara enzimatik dikonversi menjadi hubungan alfa-1,6, sehingga membentuk IMO. Langkah ini dicapai dengan penambahan enzim, transglucosidase (TG). Untuk meringkas, enzim TG mengubah malto-oligosaccharides menjadi imo.